SARS-CoV-2刺突蛋白表面的新的详细模型揭示了以前未知的漏洞，这些漏洞可能会有助于疫苗的开发。德国法兰克福马克斯·普朗克生物物理研究所的Mateusz Sikora及其同事在开放获取的PLOS Computational Biology杂志上介绍了这些发现。

SARS-CoV-2是导致大流行的病毒。SARS-CoV-2的关键特征是其刺突蛋白，该蛋白从其表面延伸并使其能够靶向和感染人类细胞。大量的研究已经得出了刺突蛋白的详细静态模型，但是这些模型没有捕获刺突蛋白本身的灵活性，也没有捕获覆盖它的保护性聚糖(糖分子链)的运动。

为了支持疫苗的开发，Sikora及其同事旨在在刺突蛋白表面鉴定出新的潜在靶位。为此，他们开发了分子动力学模拟，可以捕获刺突蛋白的完整结构及其在真实环境中的运动。

这些模拟表明，刺突蛋白上的聚糖可充当动态屏障，帮助病毒逃避人类免疫系统的攻击。与汽车刮水器类似，即使在任何给定的瞬间，聚糖的覆盖范围都很小，可以通过来回翻转来覆盖几乎整个长钉表面。

通过将动态刺突蛋白模拟与生物信息学分析相结合，研究人员发现了刺突蛋白表面上受聚糖保护层保护最少的斑点。在以前的研究中已经发现了一些检测到的位点，但是有些是新颖的。其他研究小组在随后的实验室实验中证实了其中许多新颖地点的脆弱性。

Sikora说：“由于SARS-CoV-2新变异的出现，我们正处于大流行的阶段，突变特别集中在刺突蛋白中。” “我们的方法可以支持疫苗和治疗性抗体的设计，特别是在已建立的方法难以奏效的情况下。”

为这项研究开发的方法还可以用于识别其他病毒蛋白的潜在漏洞。

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